FishOS alimente le nuage de l’Université Eberhard Karls, fournissant un environnement en nuage pour les bioinformaticiens par l’intermédiaire du centre informatique de l’université à Tübingen.
Le réseau allemand pour l’infrastructure bioinformatique, ou en abrégé « de.NBI », est une infrastructure de recherche nationale qui fournit des services bioinformatiques aux utilisateurs dans les domaines de la recherche en sciences de la vie, de la biomédecine et des domaines connexes. Grâce à un concept de fédération en nuage, les cinq sites de de.NBI, Bielefeld Uni, Freiburg Uni, Tübingen Uni, Heidelberg Uni et Giessen Uni, sont intégrés dans une plateforme en nuage unique. Par conséquent, l’utilisateur sera guidé vers le service envisagé et le nuage approprié via le portail central du nuage de de.NBI.
Sardina FishOS constitue l’épine dorsale de de.NBI Cloud, pour faciliter les découvertes scientifiques européennes de pointe. La plateforme hautement fiable basée sur OpenStack et Ceph permet des analyses intégratives et une utilisation efficace des données en vue de percées scientifiques.
L’objectif
Les multiples systèmes de de.NBI combinent FishOS OpenStack et Ceph pour fournir des plateformes ultra-fiables pour la recherche traditionnelle et les applications de nouvelle génération, avec une sécurité et une protection des données.
Pour atteindre les objectifs de de.NBI, les exigences critiques du stockage Ceph comprenaient : la géo-redondance sur plusieurs sites, le cryptage au repos, la mise en miroir asynchrone, le choix d’une mise en miroir unidirectionnelle ou bidirectionnelle. Les systèmes prennent en charge de multiples configurations de stockage et par pool, à la fois pour les modes d’instantané et de journal de la mise en miroir, et pour les instantanés configurés pour être pris à des moments programmés.
Afin d’accélérer les calculs, la plateforme cloud est dotée d’une accélération GPU Nvidia avancée.
Avec plusieurs nuages basés sur OpenStack et Ceph couvrant plusieurs sites et régions, le fonctionnement quotidien des systèmes est rendu simple et flexible, avec des outils d’exploitation pré-intégrés pour la plateforme cloud, avec des analyses prédictives intelligentes et une gestion intelligente des ressources.
Solution FishOS
Sardina a mis en œuvre une solution basée sur l’architecture opérationnelle de FishOS, permettant à de.NBI de gérer les multiples systèmes avec des opérations entièrement automatisées, flexibles, fiables et évolutives, ainsi qu’une mise à niveau Zero-Downtime unique sur le marché. Aujourd’hui, de.NBI exploite quatre systèmes avec une solution FishOS basée sur OpenStack, Kubernetes et Ceph. Sardina a également migré l’un des systèmes depuis Ubuntu OpenStack.
L’architecture de la solution FishOS est flexible et permet d’échelonner le stockage des données, de fournir des ressources de calcul élastiques, d’assurer une gestion automatisée des ressources, de faciliter la mise en réseau et de garantir la disponibilité de l’analyse des données.
La technologie de cloud automatisé en libre-service FishOS permet une haute disponibilité par défaut, des opérations intelligentes d’autoréparation, des mises à niveau continues et transparentes, une mise à l’échelle de milliers de serveurs, une amélioration de l’utilisation, une sécurité accrue et une réduction des coûts. Le nuage de.NBI alimenté par FishOS permet des analyses intégratives pour la communauté européenne des sciences de la vie et l’utilisation efficace des données dans la recherche et l’application, avec un coût total de possession optimisé.
Les avantages
- Opérations automatisées « zéro clic
- Optimisation du coût total de possession : 10x moins d’OpEx&CapEx
- Sécurité et protection des données
- Une résilience et une flexibilité accrues
- Une rémunération élastique au fur et à mesure de votre croissance
- Construire facilement des systèmes à grande échelle s’étendant à plusieurs sites
de.NBI Cloud : Eberhard Karls University of Tübingen – Une solution fédérée et géoredondante pour les grandes données scientifiques
FishOS alimente le cloud de l’université Eberhard Karls de Tübingen. FishOS fournit un environnement en nuage aux bioinformaticiens par l’intermédiaire du centre de calcul de l’université de Tübingen. Il comprend tout d’abord l’infrastructure, diverses solutions de flux de travail pour construire des pipelines et des outils axés sur l’analyse de données à haut débit (génomique, protéomique, métabolomique, etc.).
Deuxièmement, l’un des principaux objectifs du site cloud de.NBI à Tübingen est de fournir des logiciels couvrant différents domaines de recherche scientifique tels que l’analyse par spectrométrie de masse, les pipelines d’analyse NGS mais aussi l’ancrage moléculaire via Ball intégré dans les flux de travail Galaxy (galaxy).
FishOS facilite l’exploitation quotidienne des systèmes de l’université de Tubingen en la rendant simple et flexible grâce à ses outils d’exploitation pré-intégrés pour la plateforme cloud. Les utilisateurs des systèmes bénéficient d’analyses prédictives et d’une gestion intelligente des ressources.
de.NBI cloud : Université Justus-Liebig (JLU) Giessen
FishOS alimente l’infrastructure cloud de.NBI à l’université Justus-Liebig (JLU) de Giessen. Celle-ci a été mise en place avec succès début 2017, fournissant des ressources de calcul et de stockage à grande échelle aux utilisateurs du réseau de.NBI. Une extension de la capacité de stockage globale est déjà en cours et sera disponible au premier semestre 2018.
Après une configuration initiale et des tests intensifs, le cloud de JLU Giessen a été transféré en mode production en juin 2017. Il a déjà été utilisé avec succès pour mener des sessions pratiques lors de la première école d’été de.NBI sur l’informatique en nuage pour la bio-informatique.
À cette occasion, 24 participants ont appliqué les techniques de l’informatique en nuage à l’analyse de leurs propres ensembles de données biologiques. Ils ont appris à mettre en œuvre des solutions logicielles bioinformatiques évolutives dans un environnement en nuage. Depuis sa création, le nuage est régulièrement utilisé par divers partenaires de coopération et utilisateurs du réseau de.NBI pour analyser leurs données.
Les ressources informatiques pour l’exécution des machines virtuelles sont complétées par une sélection de diverses solutions de stockage, y compris des disques éphémères à base de SSD, des volumes de données et le stockage d’objets, qui peuvent être utilisés pour stocker les données brutes et intermédiaires ainsi que les résultats finaux des pipelines d’analyse bioinformatique.