FishOS 为 Eberhard Karls 大学云提供动力,通过位于图宾根的大学计算中心为生物信息学家提供云环境。
德国生物信息学基础设施网络,简称 “de.NBI”,是一个国家研究基础设施,为生命科学研究、生物医学及相关领域的用户提供生物信息学服务。 通过云联盟概念,比勒费尔德大学、弗莱堡大学、图宾根大学、海德堡大学和吉森大学这五个 de.NBI 站点被整合到一个单一的云平台中。 因此,用户可通过 de.NBI 中央云门户获得所需的服务和合适的云。
Sardina FishOS是 de.NBI 云的骨干,旨在促进欧洲先进的科学发现。 这个基于OpenStack和Ceph的高可靠性平台能够进行综合分析并有效利用数据,从而实现科学突破。
目标
de.NBI 的多个系统结合了 FishOS OpenStack 和 Ceph,为传统研究和下一代应用提供超可靠的平台,并提供数据安全和保护。
为实现 de.NBI 的目标,对 Ceph 存储的关键要求包括:多站点地理冗余、静态加密、异步镜像、单向或双向镜像选择。 这些系统支持多种存储和每个池的配置,支持快照和日志模式的镜像,并支持快照设置为在预定时间拍摄。
为了加快计算速度,云平台采用了先进的 Nvidia GPU 加速技术。
通过基于 OpenStack 和 Ceph 的多个云,跨越多个地点和地区,系统的日常操作变得简单灵活,云平台预集成的操作工具具有智能预测分析和智能资源管理功能。
FishOS 解决方案
Sardina 基于 FishOS 的操作架构实施了解决方案设计,使 de.NBI 能够以完全自动化、灵活、可靠和可扩展的操作管理多个系统,并实现市场上独一无二的零停机升级。 如今,de.NBI 使用基于 OpenStack、Kubernetes 和 Ceph 的 FishOS 解决方案运行四个系统。 Sardina 还从 Ubuntu OpenStack 迁移了其中一个系统。
FishOS 解决方案架构灵活,可扩展数据存储、提供弹性计算服务资源、提供自动化资源管理、简化网络连接并保证数据分析的可用性。
FishOS 自助式自动化云技术可实现默认高可用性、提供智能自愈操作、无缝滚动升级、扩展到数千台服务器、提高利用率、解决安全问题并降低成本。 由 FishOS 支持的 de.NBI 云可为欧洲生命科学界提供综合分析,在研究和应用中高效利用数据,并优化总体拥有成本。
好处
- 自动零点击操作
- 优化的总体拥有成本:运营支出和资本支出降低 10 倍
- 数据安全和保护
- 提高复原力和灵活性
- 弹性薪酬经济学
- 轻松构建扩展到多个站点的大型系统
de.NBI 云:图宾根埃伯哈德 – 卡尔斯大学 – 大型科学数据的联合和地理冗余解决方案
FishOS 为图宾根埃伯哈德-卡尔斯大学的云计算提供动力。 FishOS 通过位于图宾根的大学计算中心为生物信息学家提供云环境。 首先,它包括基础设施、用于构建管道的各种工作流解决方案,以及特别侧重于分析高通量数据(基因组学、蛋白质组学、代谢组学等)的工具。
其次,位于图宾根的 de.NBI 云网站的一个主要目的是提供涵盖不同科研领域的软件,如质谱分析、NGS 分析管道,以及通过集成到银河工作流程(galaxy)中的波尔(Ball)进行分子对接。
FishOS 可简化图宾根大学系统的日常操作,通过预集成的云平台操作工具,使操作变得简单而灵活。 系统用户可从智能预测分析和智能资源管理中获益。
de.NBI 云:吉森 Justus-Liebig 大学 (JLU)
FishOS 为吉森 Justus-Liebig 大学(JLU)的 de.NBI 云基础设施提供动力。 该基础设施于2017年初成功建立,为de.NBI网络的用户提供了大规模计算和存储资源。 整体存储容量的扩展工作已在进行中,并将于2018年上半年投入使用。
经过初始设置和密集测试后,吉森联合大学的云计算于 2017 年 6 月转入生产模式。 在第一届de.NBI生物信息学云计算暑期学校期间,它已被成功用于开展实践课程。
在这次会议上,24 名与会者应用云计算技术分析了自己的生物数据集。 他们学习了如何在云环境中实施可扩展的生物信息学软件解决方案。 自建立以来,de.NBI 网络的各个合作伙伴和用户经常使用云计算来分析他们的数据。
除了用于运行虚拟机的计算资源外,还有多种存储解决方案可供选择,包括基于固态硬盘的临时磁盘、数据卷和对象存储,可用于存储原始数据、中间数据以及生物信息学分析管道的最终结果。


